El cuerpo humano alberga miles de millones de microbios incluidos bacterias, virus y hongos pertenecientes a cientos de especies diferentes, de las cuales la gran mayoría reside en el intestino. A esta colección de microorganismos se le conoce como microbiota.
Una microbiota saludable se define por su resistencia (capacidad de resistir perturbaciones), su resiliencia (capacidad de regresar a su estado original), su riqueza (número de microbios) y su diversidad (cantidad de microbios diferentes)
Sin embargo, no todas las bacterias son buenas y algunos agentes bacterianos han sido clasificados como patógenos potenciales. Tener demasiadas de estas bacterias puede causar un desequilibrio en la microbiota y hacer al huésped más susceptible a enfermarse.
La microbiota del adulto es relativamente estable, pero se sabe que varios factores influyen en la composición microbiana en diferentes etapas de la vida. Éstos incluyen factores genéticos, modo de parto (vaginal o cesárea), edad gestacional, ejercicio, uso de medicamentos, entorno de vida y dieta.